لتعزيز الحفاظ على التنوع البيولوجي والاستخدام المستدام له هناك العديد من القضايا والمستويات المحددة لعملية اتخاذ القرارات. يمكن أن تساعد المؤشرات في فهم الوضع الحالي والماضي للتنوع البيولوجي وأسباب تغيره. ومع هذا فإن المؤشرات في حد ذاتها لا تقدم الفهم المطلوب لقضية ما وتحتاج دوما إلى بعض التحليل والتفسير لما تشير إليه. والمؤشرات بسياقها التأويلي يمكن أن تمثل جزءا من تعريف الأهداف أو الغايات

أحد الاستخدامات المعروفة لمؤشرات التنوع البيولوجي هي تتبع مدى التقدم نحو تحقيق الأهداف العالمية والوطنية. تتراوح تلك الأهداف من خطط العمل على المستوى المحلي واستراتيجيات وخطط عمل التنوع البيولوجي الوطنية ، إلى قرارات الاتفاقيات الدولية مثل الاتفاقية المتعلقة بالتنوع البيولوجي. تزايد استخدام مؤشرات التنوع البيولوجي على المستوى الدولي بشكل كبير منذ تعهدت الأطراف المشاركة في الاتفاقية المتعلقة بالتنوع البيولوجي بنفسها في عام 2002 أن "تحقق بحلول عام 2010 انخفاضا ملحوظا في المعدل الحالي لفقدان التنوع البيولوجي على المستوى العالمي، والإقليمي والوطني كمساهمة منها في التخلص من الفقر وإفادة كافة أنوع الكائنات الحية على سطح الأرض".

على المستويات الوطنية والإقليمية، كانت هناك حاجة ملحة لتحديد مدى التقدم في تحقيق هدف التنوع البيولوجي لعام 2010 وهو ما مثل أمرا حتميا لتعزيز تطوير مؤشرات التنوع البيولوجي. قامت الدول في بعض الحالات بإدخال البيانات والمؤشرات الحالية إلى إطار عمل الاتفاقية المتعلقة بالتنوع البيولوجي فيما يتعلق بالأهداف، والغايات، والمجالات المركزية وكذلك المؤشرات العالمية عند تقديم تقاريرها للاتفاقية.

لا تمثل عملية اتخاذ القرارات بشأن التنوع البيولوجي مجرد تحديد للأهداف والأغراض، ولكنها أيضا تصميم للسياسات والإجراءات اللازمة لتحقيق تلك الأهداف. لذلك تقدم المؤشرات حلقة ربط هامة بين السياسة والعلوم ذات الصلة بالتنوع البيولوجي. يمكن أن تساعد المؤشرات أيضا في رفع درجة وعي وفهم صناع القرار بشأن موضوع ما، وذلك من خلال الرسوم البيانية، والخرائط والنصوص التفسيرية التي يكون من شأنها غالبا أن تلخص المعلومات المعقدة والدقيقة، فالمنظور الذي يقدمه المؤشر أو مجموعة المؤشرات يمكن أن يساعد في تحديد الأهداف، والسياسات والإجراءات المناسبة لحل المشكلة. يتم وضع أهداف وسياسات التنوع البيولوجي في بعض الحالات كنتيجة للبحث العلمي الذي يحدد القضايا الجديدة والطارئة، مثل قضايا التغير المناخي أو تأثيرات الأنواع الغازية الغريبة. لذا يمكن أن تلعب المؤشرات دورا مركزيا في نشر تلك الأفكار الجديدة وزيادة فعالية الاستجابات التي تهدف إلى التخفيف من تأثير تلك التغيرات. تمثل المؤشرات أيضا جزءا مركزيا من الإدارة التكيفية. وفي هذا السياق، يمكنها توفير معايير لتقدم ونجاح السياسات وأن تشكل جزءا من "نظام الإنذار المبكر" لاكتشاف ظهور المشاكل.