La promotion de la protection de la biodiversité et de l’utilisation responsable rassemble de nombreux enjeux pour les décideurs. Les indicateurs facilitent la compréhension du statut actuel et passé de la biodiversité, et de l'origine de son évolution. Toutefois, intrinsèquement, les indicateurs n’offrent qu’une compréhension partielle d’un enjeu, et doivent toujours être accompagnés d’analyses et interprétations. Les indicateurs et leur interprétation peuvent alors être intégrés à la définition d'objectifs.

L’une des utilisations les plus répandues des indicateurs de la biodiversité consiste à suivre les progrès des objectifs mondiaux et nationaux. Ces objectifs comprennent des plans d’action locaux, des stratégies et plans d’action nationaux sur la biodiversité (SPANB), et des accords internationaux tels que la CDB. L’utilisation et le caractère international des indicateurs de la biodiversité ont considérablement augmenté depuis que les parties de la CDB se sont engagées en 2002 à « parvenir d’ici 2010 à une réduction importante du rythme actuel de l’appauvrissement de la biodiversité à l’échelle mondiale, régionale et nationale à titre de contribution à l’atténuation de la pauvreté au profit de toutes les formes de vie sur la planète ».

À l’échelle nationale et régionale, l'obligation d'informer vis-à-vis des progrès envers l’objectif de 2010 sur la biodiversité a considérablement favorisé le développement d’indicateurs de la biodiversité. Certains pays ont adapté les données et indicateurs existants aux objectifs, domaines d’intervention et indicateurs mondiaux de la CDB dans leurs rapports.

En matière de biodiversité, le processus de décision ne fixe pas seulement des objectifs, mais développe également des politiques et des actions les soutenant. Ainsi, les indicateurs offrent une interface décisive entre la politique et les scientifiques spécialistes de la biodiversité. Les indicateurs favorisent l’information et la compréhension d’un enjeu pour les décideurs, en rassemblant des graphiques, cartes et rapports résumant des informations souvent complexes et détaillées. La perspective offerte par un indicateur ou ensemble d’indicateurs permet d’identifier les objectifs, politiques et actions les mieux appropriées. Les objectifs et politiques relatifs à la biodiversité sont parfois basés sur des recherches scientifiques soulignant de nouveaux enjeux, tels que le changement climatique ou l’impact des espèces exotiques envahissantes. Les indicateurs peuvent donc considérablement influencer la diffusion de ces nouveaux concepts, et renforcer l’efficacité des programmes d’atténuation de ces changements. Les indicateurs sont également déterminants en matière de gestion adaptative. Ils permettent d’évaluer les progrès des politiques, et être intégrés à un « système d’alerte rapide » visant à détecter l’émergence de problèmes.