为了促进生物多样性保护和可持续性地利用，有很多关于决策制定的问题和细节层次。指标可以帮助理解现在的和过去的生物多样性状态，以及为什么它可能在变化。然而，指标自己却只提供了很少的有关一个问题的理解，并且经常需要对它们进行分析和解绎才能知道它们所指示的是什么。指标和它们的解绎文字可以作为目标定义的一部分。

生物多样性指标的一个常见的应用就是追踪达成全球和国家目标的进度。这些目标从当地级别的行动计划到国家生物多样性决策和行动计划（NBSPAS），到国际协议，如生物多样性公约不等。自从生物多样性公约的缔约方在2002年许诺它们将“作为对于扶贫的贡献和对于地球上所有生物的惠益，于2010年前达到使生物多样性流失在全球，区域和国家级别都大幅度减少”。

在国家和区域尺度上，对于报告达成2010生物多样性目标的进度的要求已经成为促进生物多样性指标发展的主要动力。在一些情况下，国家为了它们对生物多样性公约的报告，已经将现有的数据和指标放置于目标，目的，聚焦区域和全球指标的生物多样性框架中。

与生物多样性相关的决策制定不仅仅是对于目的和目标的设置，更是有关为达成这些目的的政策和行动的设计。指标因此提供了政策和生物多样性相关科学之间的重要界面。指标可以利用图片，地图和解绎性质的稳定总结复杂的和细节性的信息，从而帮助提升由政策制定者指定的科目的认知度和理解程度。由一个指标所提供的视角或指标集可以帮助决定最合适的目标，政策和行动来强调问题。在一些情况下，生物多样性目标和政策被设置作为科学研究的结果，这种科学研究识别了新的和正在出现的问题，例如气候变化，或者入侵性外来物种的影响。因此，指标可以作为这些新的概念交流的一个中心角色，并提高对于迁移变化的反馈的效率。指标也是自适应管理的中心部分。它们可以提供进度的量测和政策的成功，并且可以组成一个‘早期报警系统’的一部分来探测问题的出现。